このページを見る限り、youtube に flv フォーマットで動画をあげると、youtube側のエンコーディングをバイパスできるってことになってるんですが、実際やってみたらしっかりと低画質の動画に直されてしまいました。
使ったのはffmpeg*1で、このページを見ながらmp4からflvへコマンドで変換。手元のプレイヤーでは再生できるので、FLVフォーマットであることは間違いないと思います。
ちなみに、筆者は動画の知識は0に近いってことを、追記しておきます(笑)。
*1:たぶん、これが原因なんだろうなあ