特に端末へコピペとかするときに、本当に迷惑なので。
init.el をイジる。まず、 (setq indent-line-function 'insert-tab) なんて記述があったので削除(誰がなんのために入れたんだ?)。
次に、 (electric-indent-mode 0) を追加。
これでほとんどのモードで直ったのだけど、 markdown-mode だけは駄目だったので、ダメ押しの (setq markdown-indent-on-enter nil) を追加。 RET 押下時の indent-and-new-item の呼び出しを抑制できるらしい(勝手にそんなことしないで)。
メジャーモードによって挙動を上書きできるようなので、おかしなメジャーモードがあったら設定などを見直して対応していくしかなさそう。